Infrastructure [FR]

Notre Shinning 3D Einscan-Pro + et deux scanners optiques Artec (Eva et Micro) permettent l’acquisition non invasive et semi-automatisée de modèles 3D à partir de chaque élément subfossil individuel, et peuvent accueillir n’importe quel objet allant du centimètre au mètre. Des objets plus volumineux, tels que des sites archéologiques complets, peuvent également être scannés à l’aide de la photogrammétrie de précision grâce à notre drone DJI Phantom 4 Pro. Des stations informatiques dédiées équipées d’écrans adaptés nous permettent de récupérer des informations cruciales sur la taille et la forme du matériel archéologique étudié, indépendamment ou préalablement à toute analyse génétique. Enfin, nos imprimantes 3D Ultimaker 2 extended et Ultimaker S5 nous permettent de générer des répliques physiques de haute qualité qui peuvent être utilisées à la fois pour l’enseignement, la recherche et les activités de sensibilisation.

Pour plus d’informations sur les conditions d’accès à nos instruments d’imagerie, veuillez contacter Xavier Mata (xavier.mata@univ-tlse3.fr).

Notre laboratoire accueille deux installations d’ADN ancien entièrement équipées qui ont été entièrement rénovées en 2018-2020. L’équipement et la conception sont à la pointe de la technologie et adaptés aux exigences de qualité strictes pour la manipulation de molécules d’ADN anciennes et dégradées, y compris l’exposition aux rayons UV et la pression d’air positive qui, combinées, aident à limiter considérablement la contamination par l’ADN moderne.

Chaque installation dédiée à l’ADN ancien se compose d’antichambres pour s’habiller avec des équipements de protection individuelle ; salles de préparation des échantillons indépendantes ; salles d’extraction d’ADN isolées ; salles pré-PCR isolées pour la construction de banques d’ADN Illumina et/ou la préparation de la réaction avant l’amplification. En plus des installations d’ADN ancien elle-mêmes, le matériel jetable et les réactifs sont stockés dans des salles dédiées à accès restreint. Les spécimens individuels peuvent être suivis tout au long des procédures expérimentales grâce à CASCADE, le système d’information de gestion de laboratoire open source que nous avons développé pour gérer le nombre exponentiellement croissant de fossiles analysés dans les laboratoires d’ADN ancien et leurs métadonnées. Nos grandes capacités de congélation permettent également le stockage à long terme d’extraits d’ADN, de banques d’ADN non amplifiées et de matériel subfossile.

Bien que nos installations d’ADN ancien soient principalement utilisées en interne, elles peuvent être ouvertes à des collaborateurs et collaboratrices externes, après une période de formation sous stricte surveillance. Pour plus d’informations sur les conditions d’accès à nos installations d’ADN ancien, veuillez contacter Ludovic Orlando (ludovic.orlando@univ-tlse3.fr).

Notre laboratoire fournit des installations entièrement nouvelles et entièrement équipées conçues pour la mise en œuvre de techniques standard en génétique moléculaire. Il s’agit notamment d’un laboratoire propre isolé conçu pour l’extraction d’ADN/ARN ; une salle pré-PCR isolée pour la construction de banques d’ADN Illumina et/ou la préparation de la réaction avant amplification ; un laboratoire moléculaire général pour la purification des acides nucléiques, leur quantification, leur concentration, l’estimation de leurs profils granulométriques ; leur sélection et leur manipulation automatisées de la taille grâce aux dispositifs liquides automatiques Opentrons, et leur amplification. En plus de l’équipement standard, notre laboratoire moléculaire est équipé de centrifugeuses à grande vitesse, d’incubateurs, de thermocycleurs (dont un pour la quantification en temps réel), d’un instrument BioAnalyzer, d’un instrument TapeStation, d’un système Capiler Pippin Prep, d’un dispositif de sonication BioRuptor, d’un congélateur à -80°C et de 3 robots OpenTrons. Au total, nos installations de génétique moléculaire couvrent 250 mètres carrés, répartis dans 7 salles différentes. Deux salles peuvent être utilisées comme bureaux de base pendant de longues périodes d’incubation et de longues étapes expérimentales similaires.

Les installations d’ADN ancien et les installations de génétique moléculaire sont réparties dans deux bâtiments distincts, situés à deux minutes à pied, afin d’éviter toute contamination résiduelle.

Notre laboratoire est équipé d’un instrument Illumina MiniSeq, qui peut produire 30 millions de paires de séquences pendant la nuit de manière rentable. Cela augmente considérablement notre productivité car les banques d’ADN peuvent être contrôlées peu de temps après leur construction. Cet instrument s’ouvre également à la production interne de données à partir de banques d’ADN enrichies de cibles ainsi qu’au séquençage de bibliothèques d’ADN ampliconiques, telles que celles dérivées de métacodes-barres. La production de données de séquences génomiques à grande échelle est sous-traitée à nos partenaires de la plateforme GenoToul et du Genoscope, situés respectivement à Toulouse et à Evry. Ces plateformes offrent un accès à une gamme de machines de séquençage d’ADN à haut débit, notamment les instruments Illumina (HiSeq2500/3000/4000/X5, NovaSeq), PacBio (Sequel) et nanopore (MinION & PromethION).

Pour plus d’informations sur les conditions d’accès à notre instrument MiniSeq, veuillez contacter Andaine Seguin-Orlando (andaine.seguin@univ-tlse3.fr).

Notre laboratoire est équipé d’une puissance de calcul améliorée, dont 8 serveurs informatiques individuels, fournissant au total un nombre équivalent de 704 CPU, 7,8 To de RAM et 1,75 To de stockage sur disque. En tant que puissance de calcul complémentaire, nous avons accès à de grands clusters de calcul à la fois à l’Université de Toulouse et à l’Université technique du Danemark (DTU).