CNRS AAP2020 epiC & ; MITI PhD Appui aux défis sociétaux

Santé et environnement à l’heure de la colonisation et des grandes pandémies du passé : apports des génomes, épigénomes et microbiomes anciens

La peste 1898, (c) Gottfried Keller-Stiftung

L’histoire humaine ne manque pas d’exemples de maladies contagieuses ayant ravagé nos populations. La peste, la tuberculose ou encore la variole, font ainsi partie des fléaux qui ont été parmi les plus meurtriers de l’histoire. Bien qu’initialement limitées à des foyers épars, ces maladies et leur propagation ont été facilitées par les contacts commerciaux entre les cités, mais aussi par l’entreprise coloniale, dont l’un des résultats fut d’exposer les populations indigènes, immunologiquement naïves, à des maladies nouvelles auxquelles elles n’avaient jamais été exposées. Avec des taux de mortalité souvent importants, ces épidémies – parfois même, ces pandémies – ont eu des conséquences majeures sur le plan démographique et sociétal mais aussi sur le plan biologique et celui de la santé.

Ces dernières années, des technologies innovantes, dérivées du séquençage à très haut débit, ont permis aux génomiciens de voyager dans le temps et de séquencer les génomes des individus du passé et de leurs pathogènes, mais aussi de caractériser leurs épigénomes ainsi que leurs microbiomes oraux. Ces technologies nous donnent ainsi une occasion unique de remonter au temps d’épidémies majeures pour mieux caractériser la nature des pathogènes responsables mais aussi l’impact qu’ils ont eu sur les hommes et les femmes vivant alors et ainsi d’adresser tout un florilège de questions.

En quoi les pathogènes incriminés différaient-ils de leurs homologues modernes ? Existent-ils encore parmi nous ? Quelles étaient les raisons de leur virulence ? Mais aussi : qui mourrait ? Le tout un chacun, ou celles et ceux qui avaient l’infortune d’avoir hérité d’un immunogénome qui ne portait pas les bons variants (épi)génétiques ? Les femmes mourraient-elles plus que les hommes ? Les plus jeunes et les plus vieux, plus que les autres classes d’âges ? Et si certains plus que d’autres succombaient à ces fléaux, quelles conséquences en tirer quant à la santé et la vulnérabilité éventuelle des populations modernes ? Bref, par la caractérisation des génomes, épigénomes et microbiomes anciens, nous pouvons mieux appréhender comment les conditions sociales et environnementales ont modulé les capacités biologiques de chaque individu en prise à une grande épidémie, et après eux, et peut-être même jusqu’à nous, de leurs descendants.

Main coordinator : L Orlando, CAGT